Publicaties

Herziene datum: Oktober 2024

Bedankt aan alle gezinnen voor hun deelname aan Simons Zoeklicht. Door jouw betrokkenheid willen we onderzoekers en genetici wereldwijd helpen bij het begrijpen van genetische aandoeningen die van invloed zijn op jou of je familie.

Het onderzoek dat is uitgevoerd met de gegevens van Simons Searchlight heeft geresulteerd in een groot aantal gepubliceerde artikelen. Deze papers ondergaan een peer-review proces, waarbij andere wetenschappers het onderzoek beoordelen en valideren voor publicatie in wetenschappelijke tijdschriften. Bovendien worden sommige bevindingen gedeeld via preprints, waardoor informatie snel kan worden verspreid onder de wetenschappelijke gemeenschap.

Veel van de publicaties dragen de naam “Simons Variation in Individuals Project” (SimonsVIP), wat de oorspronkelijke naam was van ons onderzoeksprogramma, dat nu bekend staat als Simons Searchlight.

De artikelen zijn chronologisch gerangschikt, van oud naar nieuw. Je kunt publicaties per specifieke genetische aandoening bekijken met behulp van de onderstaande categorieën.

Vanaf oktober 2024 heeft Simons Searchlight bijgedragen aan 108 publicaties en preprints, en we zullen nieuwe publicaties blijven samenvatten.

Voor de toegankelijkheid moedigt de Simons Foundation onderzoekers aan om hun publicaties open access te maken. Als je geen toegang kunt krijgen tot een tijdschriftartikel, raden we je aan contact op te nemen met de laatste auteur die op het artikel vermeld staat om een kopie aan te vragen.

Publicatieverwijzingstitels begrijpen:

-De titel van het artikel wordt gevolgd door publicatiegegevens, waaronder waar en wanneer het artikel is gepubliceerd.
– Als er meer dan drie auteurs zijn, gebruiken we “et al.” voor extra medewerkers.
– Tijdschriften worden aangeduid met steno-namen.

Disclaimer: Houd er rekening mee dat artikelen die op medRxiv (uitgesproken als med-archive) of bioRxiv (uitgesproken als bio-archive) worden geplaatst, niet door vakgenoten worden beoordeeld of geredigeerd voordat ze online worden gepubliceerd. Alle andere artikelen die hier worden genoemd, zijn daarentegen beoordeeld door collega-onderzoekers om de kwaliteit en nauwkeurigheid te garanderen. Hoewel het publiceren op medRxiv of bioRxiv onderzoekers in staat stelt om hun bevindingen snel te delen, kunnen de uiteindelijke gepubliceerde resultaten verschillen nadat ze formele peer review hebben ondergaan voor publicatie in een tijdschrift.

Show More
Show Less

Search

  • Filter
  • Clear All
Genetic Condition
Year of Publication
90 Publications
Kort verslag: Verschillen in naturalistische aandacht voor levensechte scènes bij adolescenten met een 16p.11.2 deletie
  • Het doel van dit onderzoek was om de specifieke klinische manifestaties bij mensen met een 16p11.2 deletie te bestuderen.Show More
  • Mensen met een 16p11.2 deletie hebben een verhoogde kans op autisme en autisme-gerelateerde kenmerken.
  • De onderzoekers deden eye-tracking studies bij 21 tiener- en volwassen deelnemers met een 16p11.2 deletie en 23 deelnemers zonder een genetische aandoening. Deelnemers met een 16p11.2 deletie werden geworven bij Simons Searchlight.
  • De onderzoekers gebruikten een virtual reality-headset om de deelnemers scènes uit de echte wereld te laten zien, met objecten, mensen of achtergronddecors. De onderzoekers maakten eye-tracking kaarten op basis van waar de deelnemer zich op concentreerde.
  • De onderzoekers ontdekten dat geslacht, IQ en autistische kenmerken geen goede voorspellers waren van waar de deelnemer zich op concentreerde. Deelnemers met een 16p11.2 deletie hadden minder observaties in elke scène en minder fixaties. De onderzoekers stelden voor om jongere deelnemers met een 16p11.2 deletie te bestuderen om te zien of er een duidelijker patroon zou ontstaan.Show Less
J Autisme en ontwikkelingsstoornis Epub vooruitlopend op druk, (2024)
Haskins et al.
Full Article

16p11.2 deletie
2024

Karakterisering van het fenotypische bereik in het DYRK1A haploinsufficiëntiesyndroom met behulp van gestandaardiseerde gedragsmetingen
  • Dit is de eerste publicatie over DYRK1A met Simons Searchlight-gegevens.Show More
  • Deze studie omvatte 24 kinderen met een pathogene of waarschijnlijk pathogene DYRK1A genetische variant. Dit was het eerste artikel waarin 18 van de deelnemers zijn opgenomen; de andere zes deelnemers zijn in eerdere artikelen opgenomen. De 18 deelnemers voegen iets toe aan wat er bekend is over DYRK1A, aangezien slechts 79 mensen zijn beschreven in medisch onderzoek.
  • DYRK1A staat voor dual-specificity tyrosine phosphorylation-regulated kinase 1A en is belangrijk voor de ontwikkeling en overleving van hersencellen in de zeer vroege stadia van de menselijke ontwikkeling.
  • Het artikel bevat tabellen met de genetische en klinische informatie van de deelnemers.
  • Genetische veranderingen die het DYRK1A-gerelateerd syndroom veroorzaken, zijn verlies van functie-varianten die ertoe leiden dat één kopie van DYRK1A niet functioneel is. Veel deelnemers hadden ontwikkelingsstoornissen die prenataal door middel van echografie waren vastgesteld. Bijna alle deelnemers waren kleiner dan gemiddeld in zowel lengte als gewicht.
  • Alle deelnemers hadden een verstandelijke beperking en een kleiner dan gemiddelde hoofdomtrek. Ongeveer de helft had op een bepaald moment aanvallen. De meeste deelnemers hadden vertraagde of afwezige spraak en vertraagd lopen. Ongeveer de helft kreeg de diagnose autisme.
  • Constipatie en gastro-oesofageale refluxziekte kwamen vaak voor bij deze deelnemers.
  • De aanpassingsgedragscores van de deelnemers waren laag. Adaptief functioneren verwijst naar de manier waarop iemand omgaat met de gewone eisen in het dagelijks leven.
  • De meest voorkomende problemen bij kleuters waren teruggetrokkenheid en aandachtsproblemen, terwijl de meest voorkomende problemen bij schoolgaande kinderen sociale, denk- en aandachtsproblemen waren.
  • De onderzoekers vergeleken wat ze vonden in de Simons Searchlight groep met de informatie over de 79 mensen die in andere artikelen werd gerapporteerd. Ze vonden dat de medische informatie vergelijkbaar was, maar ze waren in staat om meer gedetailleerde informatie uit de gegevens van Simons Searchlight te halen.Show Less
Am J Med Genet A 188, 1954-1963 (2022)
Fenster et al et al.
Full Article

DYRK1A
2022

Klinische, neuro-imaging en moleculaire karakteristieken van PPP2R5D-gerelateerde neurologische ontwikkelingsstoornissen: Een uitgebreide serie met functionele karakterisering en genotype-fenotype analyse
  • Dit is de eerste publicatie over PPP2R5D die zich richt op Simons Searchlight-gegevens.Show More
  • PPP2R5D staat voor proteïnefosfatase 2 regulerende subeenheid B delta. In cellen is PPP2R5D een enzym dat een fosfaatmolecuul toevoegt aan de aminozuren serine en threonine.
  • Deze studie omvat 72 Simons Searchlight deelnemers met een pathogene of waarschijnlijk pathogene genetische variant in PPP2R5D. Dit voegt zich bij de 31 mensen met PPP2R5D genetische varianten die tot nu toe in de medische literatuur zijn gepubliceerd.
  • De onderzoekers bestudeerden de functie PPP2R5D genetische varianten en groepeerden de varianten in drie verschillende categorieën.
  • De deelnemers varieerden in leeftijd van 1 tot 45 jaar. De meeste deelnemers hadden een lage spierspanning en een groter dan gemiddelde hoofdomtrek. Ongeveer de helft van de deelnemers had aanvallen, met een gemiddelde leeftijd van iets meer dan 2 jaar. De aanvallen varieerden tussen de deelnemers: sommigen hadden meer dan 100 aanvallen per dag, anderen één per jaar.
  • Deelnemers hadden de meeste moeite met expressieve communicatie en persoonlijke dagelijkse levensvaardigheden. Ongeveer 1 op de 3 deelnemers had last van zure reflux en constipatie.
  • De onderzoekers ontdekten dat ongeveer 1 op de 5 deelnemers een ontwikkelingsachterstand of verstandelijke beperking had, wat lager is dan wat andere onderzoeken hebben gerapporteerd.
  • De onderzoekers keken of er een verband was tussen genetische varianten en medische kenmerken. De meeste mensen met een Glu198Lys en Trp207Arg hadden de meest consistente set medische kenmerken, beide varianten vallen in dezelfde functionele categorie.
  • Dit was de grootste studie tot nu toe van deelnemers met een PPP2R5D genetische variant. Voor het eerst waren onderzoekers in staat om op grote schaal de functie van genetische varianten in de cel in relatie tot klinische kenmerken te onderzoeken.Show Less
J Med Genet Epub vooruitlopend op druk, (2022)
Oyama et al.
Full Article

PPP2R5D
2022

Autisme NPC's van zowel idiopathische als CNV 16p11.2 deletie patiënten vertonen ontregeling van proliferatie en mitogene reacties
  • De meerderheid van de mensen met de diagnose autisme heeft een bekende genetische oorzaak voor hun autisme, ook wel idiopathisch autisme genoemd. Slechts ongeveer 1 op de 5 mensen krijgt een genetische diagnose in verband met hun autisme. Show More
  • Het doel van dit onderzoek was om te begrijpen waarom sommige mensen met idiopathisch autisme een groter dan gemiddeld hoofd ontwikkelen en anderen niet. Om dit te doen, gebruikten de onderzoekers geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC's) gemaakt van deelnemers met een 16p11.2 deletie, omdat mensen met deze deletie meestal een groter dan gemiddeld hoofd hebben. iPSC's zijn een speciaal soort cellen die in andere lichaamscellen kunnen worden veranderd, waardoor het makkelijker wordt om delen van het lichaam te bestuderen die moeilijk te bestuderen zijn, zoals hersencellen.
  • Twee van de iPSC's, van Simons Searchlight deelnemers met een 16p11.2 deletie, werden in het laboratorium omgezet in hersencellen. De onderzoekers bestudeerden ook iPSC's van drie families die deelnamen aan de New Jersey Language and Autism Genetics Study en twee mensen zonder autisme van de National Institutes of Health (NIH).
  • Dit artikel geeft een samenvatting van klinische en intellectuele informatie over de deelnemers.
  • Bij alle deelnemers met idiopathisch autisme waren er problemen met de controle van de celgroei. Twee deelnemers hadden een afname van het aantal cellen dat kon groeien en bij één deelnemer was er sprake van celovergroei. Alle deelnemers met een 16p11.2 deletie hadden een verhoogde celgroei.
  • De onderzoekers testten alle cellen om te zien of er vergelijkbare genetische routes waren die de celgroeiproblemen veroorzaakten. Ze ontdekten dat de cellen van deelnemers met idiopathisch autisme verschillende patronen van genetische markers hadden. De cellen van deelnemers met een 16p11.2 deletie hadden een aantal vergelijkbare genetische patronen.
  • De onderzoekers suggereerden dat te veel of te weinig neurologische ontwikkelingsmechanismen bijdragen aan de ontwikkeling van autisme.Show Less
Stamcel Rep 17, 1380-1394 (2022)
Connacher et al.
Full Article

16p11.2 deletie
2022

Identificatie van celtype-specifieke drivergenen in autisme-geassocieerde kopiegetal loci van cerebrale organoïden
  • Het doel van dit onderzoek was om te bestuderen welke genen worden in- en uitgeschakeld in de verschillende celtypen van de hersenen bij mensen met een kopiegetalvariant (CNV). Een CNV ontstaat wanneer er een verandering is in een deel van het DNA waardoor een gen of meerdere genen verwijderd of gedupliceerd worden. 16p11.2 deletie is een voorbeeld van een CNV.Show More
  • De onderzoekers gebruikten geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC's) van a) negen 16p11.2 deletie Simons Zoeklicht deelnemers, b) vier deelnemers met een 15q11-13 duplicatie, en c) twaalf deelnemers zonder genetische veranderingen uit een andere biobank. De iPSC's werden gebruikt om minihersenen te maken in het laboratorium. Onderzoekers zijn in staat om mini-hersenen te maken die met elkaar communiceren, vergelijkbaar met hoe een brein in een mens dat doet, maar mini-hersenen zijn minder complex dan menselijke hersenen.
  • Het bestuderen van CNV's is moeilijk omdat bij mensen met een CNV meerdere genen verwijderd of verdubbeld zijn. Dit maakt het moeilijk om te weten welke genen verschillende delen van de menselijke ontwikkeling beïnvloeden.
  • De onderzoekers ontwikkelden een nieuw proces om individuele cellen van de minihersenen te sequentiëren en te analyseren. Ze gebruikten een techniek genaamd CRISPR/Cas9 om de hersenen te bewerken en hun genetische bevindingen te bevestigen.
  • De onderzoekers vonden drie genen binnen de regio 16p11.2 die mogelijk invloed hebben op de ontwikkeling van hersencellen. Deze genen waren YPEL3, KCTD13 en INO80E.
  • Dit onderzoek werd ondersteund door een subsidie van de Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI).Show Less
Nat Commun 13, 3243 (2022)
Lim et al.
Full Article

16p11.2 deletie
16p11.2 duplicatie
2022

Klinische kenmerken van aanvallen en epilepsie bij personen met terugkerende deleties en duplicaties in de regio 16p11.2
  • De onderzoekers wilden nagaan hoeveel mensen met een 16p11.2 kopiegetalvariant (CNV) aanvallen of epilepsie ontwikkelen. Een CNV ontstaat wanneer er een verandering is in een deel van het DNA waardoor een gen of meerdere genen verwijderd of gedupliceerd worden. 16p11.2 deletie is een voorbeeld van een CNV.Show More
  • Aan dit onderzoek namen Simons Searchlight-deelnemers deel: 129 met een 16p11.2 deletie en 106 met een 16p11.2 duplicatie.
  • Van de 129 deelnemers met een 16p11.2 deletie bleken er 31 minstens één aanval te hebben gehad (24 procent). Bij de beoordeling op epilepsie kregen 23 van de 129 deelnemers (18 procent) de diagnose epilepsie. Deelnemers met een 16p11.2 deletie hadden hun eerste aanval tussen hun geboorte en 14 jaar oud. Het meest voorkomende aanvalstype was een focale aanval.
  • Van de 106 deelnemers met een 16p11.2 duplicatie hadden er 17 minstens één aanval (16 procent). Ook kregen 12 deelnemers de diagnose epilepsie (11 procent). Deelnemers hadden hun eerste aanval tussen 1 en 10 jaar oud. Het meest voorkomende aanvalstype was ook een focale aanval voor deelnemers met een 16p11.2 duplicatie.
  • Succesvolle behandeling tegen aanvallen verschilde per deelnemer.
  • Deze paper bevat overzichtstabellen met alle aanvalstypes en epilepsiedetails voor alle deelnemers.
  • Dit onderzoek bevestigde dat het optreden van aanvallen geassocieerd is met de 16p11.2 CNV. MRI-foto's van de hersenen, die slechts bij een klein aantal deelnemers werden gemaakt, konden de aanwezigheid van abnormale hersenactiviteit niet verklaren.Show Less
Neurol Genet 8, e200018 (2022)
Moufawad et al.
Full Article

16p11.2 deletie
16p11.2 duplicatie
2022

Sensorische verwerking in 16p11.2 deletie en 16p11.2 duplicatie
  • De onderzoekers wilden begrijpen hoe mensen met een 16p11.2 copy number variant (CNV) sensorische informatie verwerken. Een CNV ontstaat wanneer er een verandering is in een deel van het DNA waardoor een gen of meerdere genen verwijderd of gedupliceerd worden. 16p11.2 deletie is een voorbeeld van een CNV.Show More
  • Deze studie omvatte 38 kinderen met een 16p11.2 deletie, 31 kinderen met een 16p11.2 duplicatie en deelnemers uit de Simons Searchlight registry.
  • Uitdagingen met sensorische verwerking komen vaak voor bij mensen met autisme. Hieronder valt ook moeite hebben met stimulatie van de zintuigen, zoals licht, textuur, smaak en geluid.
  • Deelnemers met een 16p11.2 deletie of een 16p11.2 duplicatie hadden een grotere kans op problemen met sensorische verwerking dan deelnemers zonder een 16p11.2 deletie of duplicatie. De uitdagingen op het gebied van sensorische verwerking voor deelnemers met een 16p11.2 deletie of duplicatie waren vergelijkbaar met de uitdagingen op het gebied van sensorische verwerking voor deelnemers met autisme.
  • Deelnemers met een 16p11.2 deletie of duplicatie hadden de meeste kans op problemen met het registreren van sensorische informatie. Deelnemers met een 16p11.2 duplicatie waren vaker gevoelig voor sensorische informatie. Andere patronen van sensorische verwerking, zoals het zoeken en vermijden van sensorische informatie, kwamen niet zo vaak voor in deze twee groepen.
  • Deelnemers met een 16p11.2 deletie of duplicatie en autisme hadden vaker problemen met tast- en orale sensaties dan deelnemers die geen autisme hadden.
  • Deze resultaten suggereren dat een gedetailleerde uitsplitsing van de sensorische verwerking bij mensen met een 16p11.2 deletie of duplicatie gebruikt zou kunnen worden voor klinische evaluaties.Show Less
Autisme 15, 2081-2098 (2022)
Smith et al.
Full Article

16p11.2 deletie
16p11.2 duplicatie
2022