Pubblicazioni

Data di revisione: Ottobre 2024

Grazie a tutte le famiglie che hanno partecipato a Simons Searchlight. Grazie al tuo coinvolgimento, ci proponiamo di aiutare i ricercatori e i genetisti di tutto il mondo a comprendere le malattie genetiche che colpiscono te o la tua famiglia.

Le ricerche condotte con i dati di Simons Searchlight hanno dato luogo a numerose pubblicazioni. Questi documenti vengono sottoposti a un processo di peer-review, in cui altri scienziati valutano e convalidano la ricerca prima della pubblicazione su riviste scientifiche. Inoltre, alcuni risultati vengono condivisi tramite preprint, consentendo una rapida diffusione delle informazioni alla comunità scientifica.

Molte delle pubblicazioni riportano il nome “Simons Variation in Individuals Project” (SimonsVIP), che era il nome originale del nostro programma di ricerca, ora noto come Simons Searchlight.

Gli articoli elencati sono organizzati cronologicamente, dal più vecchio al più recente. Puoi esplorare le pubblicazioni in base a specifiche condizioni genetiche utilizzando le categorie sottostanti.

A partire da ottobre 2024, Simons Searchlight ha contribuito a 108 pubblicazioni e preprint, e continueremo a riassumere le nuove pubblicazioni.

Per quanto riguarda l’accessibilità, la Fondazione Simons incoraggia i ricercatori a rendere le loro pubblicazioni ad accesso aperto. Se non riesci ad accedere a un articolo della rivista, ti consigliamo di contattare l’ultimo autore elencato nel documento per richiederne una copia.

Capire i titoli di riferimento delle pubblicazioni:

-Il titolo dell’articolo è seguito dai dettagli della pubblicazione, tra cui dove e quando è stato pubblicato.
– Se gli autori sono più di tre, usiamo “et al.” per indicare i collaboratori aggiuntivi.
– Le riviste vengono citate utilizzando nomi abbreviati.

Disclaimer: ti ricordiamo che gli articoli pubblicati su medRxiv (pronuncia med-archive) o bioRxiv (pronuncia bio-archive) non sono sottoposti a peer-review o a editing prima della pubblicazione online. Al contrario, tutti gli altri articoli qui elencati sono stati sottoposti alla revisione di colleghi ricercatori per garantirne la qualità e l’accuratezza. Sebbene pubblicare su medRxiv o bioRxiv permetta ai ricercatori di condividere rapidamente i risultati, i risultati finali pubblicati potrebbero essere diversi dopo essere stati sottoposti alla revisione formale dei pari per la pubblicazione su rivista.

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90 Publications
Identificazione di geni driver specifici del tipo di cellula nei loci di numero di copie associati all'autismo da organoidi cerebrali
  • L'obiettivo di questa ricerca era studiare quali geni si attivano e si disattivano nei diversi tipi di cellule del cervello nelle persone con una variante del numero di copie (CNV). Una CNV si verifica quando c'è un cambiamento in una sezione del DNA che porta alla cancellazione o alla duplicazione di uno o più geni. La delezione 16p11.2 è un esempio di CNV.Show More
  • I ricercatori hanno utilizzato cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC) di a) nove partecipanti alla ricerca della delezione 16p11.2 di Simons, b) quattro partecipanti con una duplicazione 15q11-13 e c) dodici partecipanti senza alterazioni genetiche provenienti da un'altra biobanca. Le iPSC sono state utilizzate per creare mini-cervelli in laboratorio. I ricercatori sono in grado di creare dei mini-cervelli che comunicano tra loro, in modo simile a quanto fa un cervello umano, ma i mini-cervelli sono meno complessi dei cervelli umani.
  • Lo studio delle CNV è difficile perché le persone con una CNV hanno diversi geni cancellati o duplicati. Questo rende difficile sapere quali geni potrebbero influenzare le diverse parti dello sviluppo umano.
  • I ricercatori hanno sviluppato un nuovo processo per sequenziare e analizzare le singole cellule dei mini-cervelli. Hanno usato una tecnica chiamata CRISPR/Cas9 per modificare i cervelli e confermare le loro scoperte genetiche.
  • I ricercatori hanno trovato tre geni all'interno della regione 16p11.2 che potrebbero influenzare lo sviluppo delle cellule cerebrali. I geni in questione erano YPEL3, KCTD13 e INO80E.
  • Questa ricerca è stata sostenuta da una sovvenzione della Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI).Show Less
Nat Commun 13, 3243 (2022)
Lim et al.
Full Article

Delezione 16p11.2
Duplicazione 16p11.2
2022

La disregolazione della segnalazione di mTOR media i difetti comuni di neurite e migrazione nelle cellule precursori neurali idiopatiche e in quelle affette da delezione 16p11.2.
  • L'obiettivo di questa ricerca è stato quello di scoprire se esistono somiglianze nello sviluppo cerebrale tra persone affette da autismo con una causa genetica e persone affette da autismo senza una causa genetica identificata.Show More
  • Allo studio sono stati invitati partecipanti con autismo senza cause genetiche note. Lo studio comprendeva anche partecipanti al Simons Searchlight con una delezione 16p11.2. Sono stati raccolti campioni biologici da tutti i partecipanti. Sono stati raccolti campioni anche dai fratelli dei partecipanti non affetti da autismo. Le cellule dei partecipanti sono state trasformate in cellule cerebrali da studiare in laboratorio.
  • I ricercatori hanno scoperto che le cellule cerebrali di laboratorio dei partecipanti con la delezione 16p11.2 crescevano e si muovevano in modo diverso rispetto alle cellule cerebrali di laboratorio dei loro fratelli, che non avevano la delezione. Le cellule con delezione 16p11.2 erano più simili a quelle dei partecipanti con autismo senza cause genetiche. Questi risultati suggeriscono che l'autismo potrebbe svilupparsi secondo un processo di sviluppo comune.
  • Tuttavia, i ricercatori hanno riscontrato alcune differenze tra le cellule con delezione 16p11.2 e le cellule di partecipanti con autismo senza cause genetiche. Hanno pensato che le differenze potessero essere dovute alla capacità delle cellule di rispondere ai fattori di comunicazione.
  • I ricercatori hanno scoperto che lo stretto controllo del processo di comunicazione cellulare - non troppo e non troppo poco - è molto importante per lo sviluppo del cervello.Show Less
bioRxiv Preprint, (2024)
Prem et al.
Full Article

Delezione 16p11.2
2024

L'apprendimento automatico contrastivo rivela la struttura della variazione neuroanatomica nell'autismo
  • I ricercatori hanno utilizzato immagini cerebrali e software per identificare i modelli di struttura cerebrale nelle persone affette da autismo. Per creare le principali teorie di imaging hanno utilizzato il set di dati di risonanza magnetica (MRI) Autism Brain Imaging Data Exchange I (ABIDE I) di 470 persone con autismo. Hanno confrontato le immagini di persone con autismo con 512 immagini di persone senza autismo.Show More
  • Poi i ricercatori hanno utilizzato 121 immagini provenienti dai dati di Simons Searchlight 16p11.2 per convalidare quanto trovato e per vedere se potevano identificare le persone con una diagnosi di autismo.
  • I ricercatori hanno notato delle variazioni nelle strutture cerebrali delle persone e che alcune parti del cervello sono più difficili da visualizzare rispetto ad altre. Hanno scoperto che le strutture cerebrali specifiche dell'autismo sono diverse a seconda dell'età, quindi i confronti dovrebbero essere fatti all'interno di gruppi di età, non tra le varie età. Hanno anche osservato che, a causa della grande variazione dei cervelli, è difficile sapere quali differenze siano dovute alla normale variazione cerebrale e quali all'autismo. Quindi, gli stessi cervelli dovrebbero essere studiati nel tempo per capire come si sviluppano.
  • Il loro modello computerizzato è stato in grado di identificare i modelli di struttura cerebrale specifici dell'autismo e di metterli in relazione con le caratteristiche cliniche di un partecipante, come i comportamenti ripetitivi e il comportamento adattivo. I ricercatori hanno utilizzato i dati di Simons Searchlight per riconfermare i risultati dei dati di ABIDE I.
  • Questa ricerca è stata sostenuta da una sovvenzione della Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI).Show Less
Scienza 376, 1070-1074 (2022)
Aglinskas et al.
Full Article

Delezione 16p11.2
Duplicazione 16p11.2
2022

Caratterizzazione del range fenotipico nella sindrome da aploinsufficienza di DYRK1A utilizzando misure comportamentali standardizzate
  • Questa è la prima pubblicazione su DYRK1A che include i dati di Simons Searchlight.Show More
  • Questo studio ha incluso 24 bambini con una variante genetica DYRK1A patogena o probabilmente patogena. Questo è il primo documento che include 18 dei partecipanti; gli altri sei partecipanti sono stati inclusi in documenti precedenti. I 18 partecipanti si aggiungono alle conoscenze sulla DYRK1A, dato che solo 79 persone sono state descritte nella ricerca medica.
  • DYRK1A è l'acronimo di dual-specificity tyrosine phosphorylation-regulated kinase 1A ed è importante per lo sviluppo e la sopravvivenza delle cellule cerebrali nelle primissime fasi dello sviluppo umano.
  • Il documento include tabelle che mostrano le informazioni genetiche e cliniche dei partecipanti.
  • Le alterazioni genetiche che causano la sindrome DYRK1A sono varianti con perdita di funzione che portano una copia di DYRK1A a non essere funzionale. Molti partecipanti presentavano problemi di sviluppo che sono stati rilevati in fase prenatale con l'ecografia. Quasi tutti i partecipanti erano più piccoli della media sia in altezza che in peso.
  • Tutti i partecipanti avevano una disabilità intellettiva e una dimensione della testa inferiore alla media. Circa la metà ha avuto crisi epilettiche in qualche momento. La maggior parte dei partecipanti presentava un ritardo o un'assenza di linguaggio e un ritardo nella deambulazione. Circa la metà ha ricevuto una diagnosi di autismo.
  • La stitichezza e la malattia da reflusso gastroesofageo erano comuni a questi partecipanti.
  • I punteggi del comportamento adattivo dei partecipanti erano bassi. Il funzionamento adattivo si riferisce al modo in cui una persona gestisce le richieste comuni nella vita quotidiana.
  • I problemi più comuni per i bambini in età prescolare sono stati il ritiro e le difficoltà di attenzione, mentre i problemi più comuni per i bambini in età scolare sono stati i problemi sociali, di pensiero e di attenzione.
  • I ricercatori hanno confrontato quanto trovato nel gruppo Simons Searchlight con le informazioni sulle 79 persone riportate in altri documenti. Le informazioni mediche sono risultate simili, ma sono state in grado di ottenere informazioni più dettagliate dai dati di Simons Searchlight.Show Less
Am J Med Genet A 188, 1954-1963 (2022)
Fenster e altri et al.
Full Article

DYRK1A
2022

Breve relazione: Differenze nell'attenzione naturalistica a scene del mondo reale in adolescenti con delezione 16p.11.2
  • L'obiettivo di questa ricerca è stato quello di studiare le manifestazioni cliniche specifiche nelle persone con una delezione 16p11.2.Show More
  • Le persone con una delezione 16p11.2 hanno un tasso maggiore di autismo e di tratti correlati all'autismo.
  • I ricercatori hanno condotto studi di eye-tracking su 21 partecipanti adolescenti e adulti con una delezione 16p11.2 e 23 partecipanti senza una condizione genetica. I partecipanti con una delezione 16p11.2 sono stati reclutati da Simons Searchlight.
  • I ricercatori hanno utilizzato una cuffia per la realtà virtuale per mostrare ai partecipanti scene del mondo reale, con oggetti, persone o scenari di sfondo. I ricercatori hanno creato mappe di eye-tracking basate su ciò che i partecipanti hanno messo a fuoco.
  • I ricercatori hanno scoperto che il sesso, il quoziente intellettivo e i tratti autistici non erano buoni predittori di ciò su cui il partecipante si concentrava. I partecipanti con una delezione 16p11.2 hanno osservato meno scene e fissato un numero minore di immagini. I ricercatori hanno suggerito di studiare i partecipanti più giovani con una delezione 16p11.2 per vedere se emergesse un modello più evidente.Show Less
J Autism Dev Disord Pubblicato prima della stampa, (2024)
Haskins et al.
Full Article

Delezione 16p11.2
2024

Caratteristiche cliniche, di neuroimmagine e molecolari dei disturbi del neurosviluppo legati a PPP2R5D: Una serie ampliata con caratterizzazione funzionale e analisi genotipo-fenotipo
  • Questa è la prima pubblicazione su PPP2R5D incentrata sui dati di Simons Searchlight.Show More
  • PPP2R5D è l'acronimo di subunità regolatrice B delta della fosfatasi proteica 2. Nelle cellule, PPP2R5D è un enzima che aggiunge una molecola chiamata fosfato agli aminoacidi serina e treonina.
  • Questo studio comprende 72 partecipanti al Simons Searchlight con una variante genetica patogena o probabilmente patogena in PPP2R5D. Questo si aggiunge alle 31 persone con varianti genetiche PPP2R5D pubblicate finora nella letteratura medica.
  • I ricercatori hanno studiato le varianti genetiche della funzione PPP2R5D e hanno raggruppato le varianti in tre diverse categorie.
  • I partecipanti avevano un'età compresa tra 1 e 45 anni. La maggior parte dei partecipanti aveva un basso tono muscolare e una testa di dimensioni superiori alla media. Circa la metà dei partecipanti ha avuto crisi epilettiche, con un'età media di insorgenza delle crisi di poco superiore ai 2 anni. L'attività convulsiva variava tra i partecipanti: alcuni avevano più di 100 crisi al giorno, altri una all'anno.
  • I partecipanti hanno incontrato le maggiori difficoltà nella comunicazione espressiva e nelle abilità personali di vita quotidiana. Circa 1 partecipante su 3 soffriva di reflusso acido e costipazione.
  • I ricercatori hanno riscontrato che circa 1 partecipante su 5 presentava un ritardo nello sviluppo o una disabilità intellettiva, un dato inferiore a quello riportato da altri studi.
  • I ricercatori hanno esaminato se esistesse un legame tra le varianti genetiche e le caratteristiche mediche. La maggior parte delle persone con Glu198Lys e Trp207Arg presenta l'insieme più coerente di caratteristiche mediche; entrambe le varianti appartengono alla stessa categoria funzionale.
  • Si tratta dello studio più ampio finora condotto su partecipanti con una variante genetica PPP2R5D. Per la prima volta, i ricercatori hanno potuto studiare su larga scala la funzione che le varianti genetiche hanno nella cellula in relazione alle caratteristiche cliniche.Show Less
J Med Genet Pubblicato prima della stampa, (2022)
Oyama et al.
Full Article

PPP2R5D
2022

Caratteristiche cliniche delle crisi e dell'epilessia in individui con delezioni e duplicazioni ricorrenti nella regione 16p11.2
  • I ricercatori hanno voluto verificare quante persone con una variante del numero di copie 16p11.2 (CNV) sviluppano crisi epilettiche o epilessia. Una CNV si verifica quando c'è un cambiamento in una sezione del DNA che porta alla cancellazione o alla duplicazione di uno o più geni. La delezione 16p11.2 è un esempio di CNV.Show More
  • Questo studio ha incluso i partecipanti al Simons Searchlight: 129 con una delezione 16p11.2 e 106 con una duplicazione 16p11.2.
  • Dei 129 partecipanti con una delezione 16p11.2, 31 hanno avuto almeno una crisi epilettica (24%). Alla valutazione dell'epilessia, 23 dei 129 partecipanti (18%) hanno ricevuto una diagnosi di epilessia. I partecipanti con una delezione 16p11.2 hanno avuto il primo attacco tra la nascita e i 14 anni. Il tipo di crisi più comune era una crisi focale.
  • Dei 106 partecipanti con una duplicazione 16p11.2, 17 hanno avuto almeno una crisi epilettica (16%). Inoltre, 12 partecipanti hanno ricevuto una diagnosi di epilessia (11%). I partecipanti hanno avuto la prima crisi epilettica tra 1 e 10 anni. Il tipo di crisi più comune era anche una crisi focale per i partecipanti con una duplicazione 16p11.2.
  • Il successo del trattamento antiepilettico variava tra i partecipanti.
  • Questo documento include tabelle riassuntive con tutti i tipi di crisi e i dettagli dell'epilessia per tutti i partecipanti.
  • Questa ricerca ha confermato che l'insorgenza delle crisi epilettiche è associata alla CNV 16p11.2. La risonanza magnetica cerebrale, eseguita solo in un piccolo numero di partecipanti, non ha spiegato la presenza di attività cerebrale anomala.Show Less
Genetica neurologica 8, e200018 (2022)
Moufawad et al.
Full Article

Delezione 16p11.2
Duplicazione 16p11.2
2022